Río Lagartos forma parte de un área ambiental protegida que junto a los puertos de San Felipe, Las Coloradas y el Cuyo, conforman la Reserva de la Biósfera Ría Lagartos.
La reserva con una superficie de 60,347.82 hectáreas, alberga a 580 especies diferentes: 58 especies de mamíferos, 356 especies de aves, 95 especies de anfibios y reptiles y un registro de 71 especies de peces. Algunas se estas especies están especialmente protegidas por estar en peligro de extinción, y otras son endémicas de la Península de Yucatán.